协助新冠病毒研究 AMD 助力“大内存”HPC 集群

新 CPU 发布即大卖，新 GPU 展露曙光，AMD 最近有点春风得意。如果说消费级市场已经逐渐赶超 Intel 和 NVIDIA，在高性能服务器及超级计算机市场 AMD 也开始发力了，毕竟在这里有着更高的利润。近期位于加利福尼亚州的劳伦斯 – 利弗莫尔国家实验室(LLNL)使用 Epyc 处理器安装了一个新的高性能计算(HPC)集群，这是一个特殊的定制产品，有着超乎寻常的”大内存”，现在正为今年的新冠病毒研究默默地做贡献。
HEXUS 介绍了这个被称为 Mammoth 的集群，这是由 AMD、LLNL 研究人员、Supermicro 和 Cornelis Networks 合作设计的。特别值得注意的是，虽然这个集群已经有足够的运算处理能力，但它的重点是提供”大内存”计算能力。换句话说，它安装的内存比人们对典型的 HPC 集群的认知要大得多。
Mammoth 使用了 64 台服务器，每台服务器配备了两颗 AMD Epyc CPU。每个 Epyc CPU 有 64 个核心，拥有 128 个线程。Mammoth 总共有 8192 个处理器核心可用于计算（15384 个线程），峰值性能为 294TFLOPS。在重点的内存配置方面，Mammoth 集群的每台服务器都装了 2TB 的 DRAM 和 4TB 的非易失性内存，因此可用的总内存是 128TB 的 DRAM，以及 256TB 的 NVRAM。这就是强调的”大内存”。
LLNL 的研究人员认为，Mammoth 的特殊配置将提供它们所需的计算效率，这对数据密集型的 COVID-19 研究和大流行病响应等项目可以更好地去优化。它将同时用于基因组学分析、非传统的 HPC 模拟和图形分析，这些都是从事 COVID-19 研究的科学家们所需要的，包括抗病毒药物和设计抗体的开发。
研究人员已经通过 Mammoth 尝试分析 SARS-CoV-2 病毒的基因组，探究该病毒如何进化，并研究突变的可能性。参与该项目的科学家表示，这套系统可以将基因组分析所需的时间从几天减少到几个小时。这个新集群其中一个具有价值是，Rosetta Flex 软件在其他 HPC 集群上的内存限制为每个节点 12 或 16 个同时计算，但 Mammoth 可以在一个节点上同时处理 128 次 Rosetta Flex 计算。